20 atvērtā pirmkoda rīki var palīdzēt izpētē Covid-19 ārstēšanā

Valdības, zinātnieki un pētniecības iestādes izmanto tehnoloģijas un inovācijas, lai cīnītos pret COVID-19.

Ir izstrādāti atvērtā pirmkoda rīki, un daži joprojām tiek pārbaudīti, lai atbalstītu centienus, kas tika izmantoti, lai samazinātu šī nāvējošā vīrusa iznākumu.

Jau ir ieviesti vairāki atvērtā pirmkoda rīki, kas palīdz pētniekiem uzzināt par slimību, identificēt izplatību, novērst izplatību un samazināt turpmāku izplatību un nāves gadījumu skaitu. Projektu klāsts ir pieejams vietnē Izglītības ekosistēma kurā ir izklāstīts, kā izmantot dažādus rīkus.

Šajā rakstā ir aplūkoti daži atvērtā pirmkoda rīki un bibliotēkas, kas tiek izmantotas Covid-19 uzraudzībai, profilaksei un ierobežošanai, diagnostikai un ārstēšanai.

COVID-19 izsekošanas karte

Janvārī JHU Sistēmu zinātnes un inženierijas centrs uzsāka a COVID-19 globālā izsekošanas karte kas ātri kļuva par starptautiski uzticamu pandēmijas datu avotu reāllaikā.

Karte ir atvērtā pirmkoda, un to ir izmantojušas vadošās mediju organizācijas, mazās organizācijas un vietējās pašvaldības, lai veicinātu pētījumus un vizualizācijas pasākumus.

DXY-COVID-19-rāpuļprogramma

DXY-COVID-19-Crawler ir viens no agrākajiem atvērtā pirmkoda projektiem, kas izstrādāts, lai reaģētu uz Covid-19 janvārī.

Izstrādātāji izmantoja datus no DXY.cn — vietnes, kuru ķīniešu ārsti izmantoja, lai ziņotu par gadījumiem un izsekotu tiem. Viņi izstrādāja tīmekļa rāpuļprogrammu, kas apkopoja datus no vietnes un padarīja tos pieejamus, izmantojot API un datu noliktavu. Kods ir pieejams Github.

Atvērt datu komplektu

Open Data Kit (ODK) nav jauns rīks. To jau iepriekš izmantoja Ebolas vīrusa uzliesmojuma laikā Rietumāfrikā 2004. gadā un nesenajā Kongo Demokrātiskajā Republikā — 2019. gadā.

Tas galvenokārt palīdz lietotājiem vākt, pārvaldīt un izmantot datus kontaktu izsekošanas, stratēģiskās kartēšanas, lēmumu atbalsta, kopienas sensibilizācijas un lietu pārvaldības jomā.

ODK kopiena ir vēl vairāk uzlabojusi tās izmantošanu, reaģējot uz Covid-19, izvietojot pieejamu ziņošanas veidlapu. Veidlapa ir izstrādāta saskaņā ar Pasaules Veselības organizācijas protokolu par gadījumu izmeklēšanu un kontaktu izsekošanu un izmeklēšanu.

  Kā saglabāt e-pastu cietajā diskā

Galvenie izstrādātāji piedāvā arī bezmaksas atbalstu jebkurai organizācijai, kas ir izvietojusi ODK, reaģējot uz Covid-19.

Nākamais celms

Nākamais celms izseko patogēnu evolūciju. To iepriekš izmantoja, lai noteiktu slimības ģimenes vēsturi, tādējādi ļaujot prognozēt slimības progresēšanu.

Tas ir veiksmīgi izmantots iepriekšējās epidēmijās, piemēram, Ebola. Izmantojot ģenētiskos datus no Globālās iniciatīvas par visu gripas datu kopīgošanu (Gisaid), Nextxtrain tiek izmantots, lai cīnītos pret COVID-19.

DHIS2

Jūs droši vien jau zināt DHIS2. Tā ir pasaulē lielākā veselības informācijas pārvaldības sistēma. To izmanto vairāk nekā 70 valstīs. Reaģējot uz Covid-19, DHIS2 ir izlaidusi digitālu datu paketi, kas paātrina infekcijas noteikšanu, ziņošanu, uzraudzību un slimības ārstēšanu.

DHIS2 digitālo datu pakotnē tiek izmantoti standarta metadati, kas ir saskaņoti ar PVO protokolu par COVID-19 gadījuma definēšanu un uzraudzību, lai nodrošinātu ātru izvietošanu un reaģēšanu.

Pikobar Rietumjava

Indonēzijas Slimību un katastrofu informācijas un koordinācijas centrs ir krīzes reaģēšanas centrs, kas izveidots, lai mazinātu Covid-19 un reaģētu uz to Indonēzijas Rietumjavas provincē.

Jabar Digital Service kā daļu no atbildes ir izstrādājis atvērtā pirmkoda tīmekļa rīks un lietotne kas ļauj lietotājiem piekļūt jaunākajiem Covid-19 datiem.

OpenMRS

OpenMRS ir pacientu aprūpes sistēma, ko izmanto daudzās jaunattīstības valstīs visā pasaulē. Pateicoties elastībai OpenMRS sistēmavalstis, kuru veselības aprūpes resursi ir bijuši noslogoti, var to izmantot COVID-19 uzraudzībai, skrīningam un ārstēšanai.

Sistēma var palīdzēt viņiem paplašināt savas spējas, nodrošinot viņiem piekļuvi zinātniski pamatotai informācijai par krīzes pārvarēšanu.

OpenLMIS

The OpenLMIS projekts izmanto uz sabiedrību vērstu taktiku, lai izstrādātu atvērtā koda un regulējamu loģistikas vadības informācijas sistēmu. OpenLMIS sistēmas mērķis ir uzlabot datu precizitāti, palielināt atbildību, uzlabot datu savlaicīgumu un redzamību.

OpenLMIS sistēmas mērķis ir uzlabot veselības piegādes ķēdes, medicīnisko resursu uzskaiti, lai sniegtu skaidru priekšstatu par pieejamajiem medicīniskajiem piederumiem, tostarp testu komplektiem un IAL (individuālajiem aizsardzības līdzekļiem). Šo rīku var efektīvi izmantot, lai atbalstītu lēmumu pieņēmējus resursu piešķiršanā, reaģējot uz Covid-19.

Veselības vietnes

The Globālais veselības vietņu kartēšanas projekts ir projekts, kura mērķis ir kartēt visas pasaules veselības iestādes un padarīt informāciju par katru slimnīcu viegli pieejamu. Dati par veselības aprūpes iestādēm ir padarīti pieejami, izmantojot API.

  Kā apgūt Google brīdinājumus

Sadarbojoties ar lietotājiem, healthsites.io komanda fiksē un apstiprina katras veselības aprūpes iestādes atrašanās vietu un kontaktinformāciju un padara datus brīvi pieejamus un pieejamus, izmantojot atvērto datu licenci.

SORMAS

SORMAS (Novērošanas uzliesmojuma reaģēšanas pārvaldības un analīzes sistēma) ir atvērtā pirmkoda mobilā e-veselības sistēma. Tas ir izmantots, lai īstenotu slimības kontroles, kā arī uzliesmojumu pārvaldības procedūras.

Tas ir efektīvi izvietots vairākās valstīs, tostarp Ganā, Nigērijā, Nepālā un Fidži, lai veiktu COVID-19 uzraudzību un agrīnu atklāšanu.

SORMAS ir bezmaksas atvērtā koda sistēma, kas atbilst datu aizsardzības standartiem.

Tokija COVID-19

Atšķirībā no daudzām citām pilsētām un valdībām, Tokijas metropoles valdība ir izstrādājusi atvērtā pirmkoda vietni, kas informē savus iedzīvotājus par COVID-19. Padarot to par atvērtā koda versiju, vietni ir snieguši vairāk nekā 200 lietotāju. Trīs citas pilsētas, Čiba, Nagano un Fukuoka, ir izveidojušas vietni no jauna.

OpenELIS

Mērķis OpenELIS veselības sistēma mērķis ir uzlabot veselības aprūpi, nodrošinot progresīvu, uz standartiem balstītu laboratorijas informācijas pārvaldības sistēmu, ko var izmantot dažādas veselības iniciatīvas, lai uzlabotu ārstēšanas iespējas.

Covid-19 uzliesmojums ir radījis globālu izaicinājumu kontaktu izsekošanas un aizdomīgo gadījumu masveida pārbaudēs. OpenELIS sistēmu var efektīvi izmantot cīņā pret COVID-19, lai atvieglotu laboratorijas testu un rezultātu izsekošanu.

The Kopienas veselības rīkkopa ir atvērtā pirmkoda rīku kolekcija, kā arī brīvpiekļuves resursi, kuru mērķis ir izveidot un izvietot digitālos rīkus izmantošanai kopienas veselības iniciatīvās grūti sasniedzamās jomās.

Kopienas veselības rīku komplekta izstrādātāju kopiena ir mobilizējusies, lai izstrādātu rīkus un resursus, kuru mērķis ir atbalstīt kopienas veselības aprūpes darbiniekus cīņā pret Covid-19.

zvans

The Covid-19 slimnīcas ietekmes modelis epidēmijām (CHIME) ir atvērtā pirmkoda lietojumprogramma, ko izstrādājuši Pensilvānijas Universitātes Penn Medicine datu zinātnieki. Tas ir tiešsaistes rīks, kas ļauj slimnīcām paredzēt vīrusa ietekmi uz veselības aprūpes resursiem.

Tas ir izstrādāts, izmantojot Python un pandas atvērtā pirmkoda atkarību.

  10 klientu apkalpošanas platformas, lai palielinātu saglabāšanas līmeni

COVID aprūpes karte

The COVID aprūpes karte palīdz kartēt jau esošos veselības aprūpes resursus un prognozēt trūkumus slimnīcu gultās, ventilatoros, medicīnas piederumos un personāla komplektācijā. Visas metodes, datu apstrādes rīki, vizualizācijas un pirmkods ir bezmaksas un atvērtā koda.

COVID Care Map projekta mērķis ir paredzēt un rīkoties, lai izsauktu atbalstu, lai efektīvi aprūpētu strauji pieaugošo COVID-19 infekciju skaitu un tos, kuriem nepieciešama intensīva aprūpe.

Locale.ai

Vietne Locale.ai ir izstrādājusi atvērtā pirmkoda interaktīvu visu apstiprināto COVID-19 gadījumu vizualizāciju visā pasaulē. Tas vaicā Džona Hopkinsa universitātes atvērtā pirmkoda datu kopu.

Locale.ai izstrādāja Covid-19 vizualizācijas vietne izmantojot Vue.js, kas ir populārs ietvars, kas ļauj izstrādātājiem izveidot modernas tīmekļa lietotnes.

COVID-19 visā pasaulē

Šī lietotne izmanto kartes vizualizāciju, lai uzraudzītu COVID-19 izplatību, apstiprinātos gadījumus un slimības attīstību visā pasaulē. Tas izmanto datus no John Hopkins CSSE.

Koronavīrusa izsekotājs

Šī ir spīdīga lietotne, ko izstrādājis Džons Koens. Tas izseko COVID-19 izplatību, izmantojot Džona Hopkinsa, DXY datus un Veiksina datus. Lietotne parāda aizdomīgo, apstiprināto un atgūto gadījumu skaitu pēc laika un reģiona. Kods ir pieejams Github.

COVID-19 globālie gadījumi

COVID-19 globālie gadījumi ir Christoph Schoenenberger izstrādāta lietotne Shiny, kas parāda COVID-19 attīstību kartē, diagrammās, kopsavilkuma tabulās un skaitļos. Tās kods ir pieejams vietnē Github.

Valdības un Covid-19

Šī ir spīdīga lietotne, ko izstrādājis Sebastjans Engels-Vilfs. Tajā attēlots COVID-19 eksponenciālais pieaugums, dienu skaits, lai inficēšanās gadījumu skaits dubultotos, apstiprinātie gadījumi, mirstības līmenis un apstiprināto gadījumu skaits uz 100 000 cilvēku dažādos reģionos. Kods ir pieejams vietnē Github.

Iesaiņošana

Atvērtā pirmkoda kopiena ir ātri un efektīvi reaģējusi uz Covid-19 pandēmiju. Ir izstrādāti un tiek būvēti daudzi projekti, lai apkarotu slimības izplatību. Šajā rakstā ir aprakstīti daži projekti. Joprojām nav skaidrības par to, kā slimība progresēs turpmākajās nedēļās. Cīņā pret šo nāvējošo slimību tiks atrasts vairāk projektu, kas var izmantot esošās atvērtā pirmkoda tehnoloģijas.

Esiet droši!

Raksts Dr. Michael J. Garbade, Izglītības ekosistēmas izpilddirektors